Zgodba Morgane Lefay se je začela leta 1986, ko so Jonas Söderlind (bobni), Joakim Lundberg (bas kitara), Tony Eriksson (kitara) in Stefan Jonsson (kitara), ustanovili skupino Damage. Leta 1988 se jim je pridružil bivši pevec skupine Sepher Jezirah, Charles Rytkönen.

Leto kasneje se je skupina preimenovala v Morgana Lefay, skupino pa je zapustil Jonsson, ki ga je zamenjal Tommi Karppanen (prav tako bivši član Sepher Jezirah). V tej postavi je skupina leta 1990 izdala prvo ploščo Symphony of the Damned, ki so ga financirali sami.

Med snemanjem dema The Rumors of Rain je skupino zaradi razlikovanj v mnenjih zapuszil Lundberg, ki ga je nasledil Joakim Heder. Odlična kvaliteta demo posnetka je prepričala založbo Black Mark Productions. Da so dosegli zahtevano dolžino posnetka so dodali še bonus komad Knowing Just As I, ki je postal naslov prihajajoče plošče.

Decembra 1993 je izšla plošča The Secret Doctrine, sledila ji je obsežna evropska turneja.

Na začetku leta 1994 so igrali na švedskih metal nagrada Zeppelin Gala, v aprilu pa posneli prvi videospot za komad Rooms of Sleep. Junija je skupino zapustil Karppanen, ki ga na kitari zamenja P. Grehn (Fantasmagoria) za finsko turnejo, švedski festival The Stockholm Water Festival in nemški festival PopKomm. Peter se je nato vrnil v svoj matični band, prazno mesto pa je zasedel Daniel Persson.

Izdajo tretje plošče Sanctified so pospremile pozitivne kritike. Skupina se je skupaj z Cemetery, Memento Mori in Tad Morose odpravila na evropsko turnejo. Posneli so videa za To Isengard ter In the Court of the Crimson King in opravili headlinersko švedsko turnejo. Kompilacija Past, Present, Future je vsebovala štiri nove komade, ob istem času pa je bila skupina na evropski turneji z Gamma Ray. Začeli so s pripravami nove plošče, Maleficium, ki je izšla leta 1996.

Leta 1997 je sledila prva headlinerska turneja po srednji evropi, s predskupinama Solitude Aeturnus in Brainstorm. Izšla je nova kompilacija, Fata Morgana. Heder, Persson in Söderlind so zapustili band.

Leta 1998 so pod imenom Lefay (ime so spremenili zaradi pravnih razlogov) posneli The Seventh Seal in podpisali z založbo Noise Records.

Album je izšel leta 1999 med evropsko turnejo z Nevermore, Nocturnal Rites in Sacred Steel. Ponovno so posneli debitantsko ploščo Symphony of the Damned in poleti igrali na festivalu Wacken Open Air.

Konec leta 1999 oz. v začetku leta 2000 so v studio Soundcreation na švedskem začeli s snemanjem konceptualne plošče …---… (SOS).

Leta 2000 so igrali na večih festivalih, največji je bil Bang Your Head v Nemčiji. Sledila je headlinerska turneja Lost in Europe, s predskupinama Angel Dust, Steel Prophet in Stormhammer.

Med leti 2001 in 2003 si je band vzel dolge počitnice, zapustil pa jih je Asentorp. Nadomestil ga je Fredrik Lundberg.

Leta 2004 začnejo s pripravami na ploščo Grand Materia. Podpisali so s staro/novo založbo Black Mark. Ponovno se preimenujejo v Morgana Lefay. Spomladi 2005 izide Grand Materia, sledi evropska turneja s predskupinama Mind Crime in Lanfear.

Po koncertu v Chicagu leta 2006 Robin zapusti band. Zamenja ga Pelle Åkerlind. Začnejo s pipravami nove plošče. Septembra odidejo v studio, kjer posnamejo Aberrations of the Mind, ki izide marca 2007.